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Croote, D., Quake, S.R. Food allergen detection by mass spectrometry: the role of systems biology. npj Syst Biol Appl. 2016 Sep 29; 2:16022.

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Allergen Targets

Soy

Food Matrix

Soybean

Analysis of Proteome Profile in Germinating Soybean Seed, and Its Comparison with Rice Showing the Styles of Reserves Mobilization in Different Crops

Han C., Yin X., He D., Yang P.

PLoS ONE (2013), 8, 2, e56947 DOI: 10.1371/journal.pone.0056947

Abstract

BackgroundSeed germination is a complex physiological process during which mobilization of nutrient reserves happens. In different crops, this event might be mediated by different regulatory and metabolic pathways. Proteome profiling has been proved to be an efficient way that can help us to construct these pathways. However, no such studies have been performed in soybean germinating seeds up to date.ResultsProteome profiling was conducted through one-dimensional gel electrophoresis followed by liquid chromatography and tandem mass spectrometry strategy in the germinating seeds of soybean (glycine max). Comprehensive comparisons were also carried out between rice and soybean germinating seeds. 764 proteins belonging to 14 functional groups were identified and metabolism related proteins were the largest group. Deep analyses of the proteins and pathways showed that lipids were degraded through lipoxygenase dependent pathway and proteins were degraded through both protease and 26S proteosome system, and the lipoxygenase could also help to remove the reactive oxygen species during the rapid mobilization of reserves of soybean germinating seeds. The differences between rice and soybean germinating seeds proteome profiles indicate that each crop species has distinct mechanism for reserves mobilization during germination. Different reserves could be converted into starches before they are totally utilized during the germination in different crops seeds.ConclusionsThis study is the first comprehensive analysis of proteome profile in germinating soybean seeds to date. The data presented in this paper will improve our understanding of the physiological and biochemical status in the imbibed soybean seeds just prior to germination. Comparison of the protein profile with that of germinating rice seeds gives us new insights on mobilization of nutrient reserves during the germination of crops seeds.

Reference raw data

Reference ID Food Protein Peptide
58 Soy Gly m 6 ADFYNPK
58 Soy Gly m 5 AEFVDIINAATVK
58 Soy Gly m 6 AETVSFSWNK
58 Soy Gly m 5 AILTLVNNDDR
58 Soy Gly m 5 AILTLVNNDDRDSYNLHPGDAQR
58 Soy Gly m 6 AIPSEVLAHSYNLR
58 Soy Gly m 6 AIPSEVLSNSYNLGQSQVR
58 Soy Gly m 5 AIVILVINEGDANIELVGIK
58 Soy Gly m 5 AIVVLVINEGEANIELVGIK
58 Soy Gly m 6 ALIQVVNCNGER
58 Soy Gly m 6 ALVQVVNCNGER
58 Soy Gly m 6 ALYSTPIHIWDK
58 Soy Gly m 6 CAGVTVSK
58 Soy Gly m 5 CNGTTEEVKK
58 Soy Gly m 6 CTLNRNALR
58 Soy Gly m 5 DIENLIK
58 Soy Gly m 5 DLDIFLSIVDMNEGALLLPHFNSK
58 Soy Gly m 5 DLDIFLSSVDINEGALLLPHFNSK
58 Soy Gly m 5 DLDVFLSVVDMNEGALFLPHFNSK
58 Soy Gly m 5 DNVISQIPSQVQELAFPGSAK
58 Soy Gly m 5 DPIYSNK
58 Soy Gly m 5 DSYNLHPGDAQR
58 Soy Gly m 5 DSYNLQSGDALR
58 Soy Gly m 6 EAFGVNMQIVR
58 Soy Gly m 5 EAGTTTAVVAEQTK
58 Soy Gly m 5 EDENNPFYLR
58 Soy Gly m 5 EEGQQQGEER
58 Soy Gly m 5 EEGQQQGEQR
58 Soy Gly m 6 EGTGSIVFTAIGETVSSAGEK
58 Soy Gly m 5 ELAAQPDVDGFLVGGASLK
58 Soy Gly m 5 EPQQPGEKEEDEDEQPR
58 Soy Gly m 6 EQAQQNECQIQK
58 Soy Gly m 6 EQDEDEDEDEDKPR
58 Soy Gly m 6 EQDQDQDEDEDEDEDQPR
58 Soy Gly m 6 EQPQQNECQIQK
58 Soy Gly m 6 EQPQQNECQIQR
58 Soy Gly m 5 EQQQEEQQEEQPLEVR
58 Soy Gly m 5 EQQQEQQQEEQPLEVR
58 Soy Gly m 5 EQQQEQQQEEQPLEVRK
58 Soy Gly m 5 EQQQRQQQEEQPLEVR
58 Soy Gly m 5 ESEEEEEDQDEDEEQDK
58 Soy Gly m 5 ESEEEEEDQDEDEEQDKESQESEGSESQR
58 Soy Gly m 5 ESEEEEEDQDEDEEQDKESQESEGSESQREPR
58 Soy Gly m 5 ESEESEDSELR
58 Soy Gly m 5 ESYFVDAQPK
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58 Soy Gly m 5 FETLFK
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58 Soy Gly m 5 FFEITPEK
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58 Soy Gly m 5 FFVGGNWK
58 Soy Gly m 6 FGSFAVITLCAGMPTEWAIVER
58 Soy Gly m 6 FNECQLNNLNALEPDHR
58 Soy Gly m 6 FYLAGNQEQEFLK
58 Soy Gly m 6 FYLAGNQEQEFLQYQPQK
58 Soy Gly m 6 GAIGFAFPGCPETFEKPQQQSSR
58 Soy Gly m 5 GEKGSEEEDEDEDEEQDER
58 Soy Gly m 6 GIFGMIYPGCPSTFEEPQQPQQR
58 Soy Gly m 6 GIGLVFTSPLHALFIAEGYPLSIK
58 Soy Gly m 6 GKHQQEEENEGGSILSGFTLEFLEHAFSVDK
58 Soy Gly m 6 GKHQQEEENGGGSILSGFTLEFLEHAFSVDK
58 Soy Gly m 6 GKQQEEENEGSNILSGFAPEFLK
58 Soy Gly m 6 GQLLVVPQNFVVAEQAGEQGFEYIVFK
58 Soy Gly m 5 GSEEEDEDEDEEQDER
58 Soy Gly m 5 GSEEEQDER
58 Soy Gly m 6 HFLAQSFNTNEDIAEK
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58 Soy Gly m 6 HNIGQTSSPDIFNPQAGSITTATSLDFPALSWLK
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58 Soy Gly m 6 HQQEEENEGGSILSGFTLEFLEHAFSVDK
58 Soy Gly m 6 IESEGGFIETWNPNNKPFQCAGVALSR
58 Soy Gly m 6 IESEGGLIETWNPNNKPFQCAGVALSR
58 Soy Gly m 5 IIYGGSVNGGNCK
58 Soy Gly m 5 IPAGTTYYLVNPHDHQNLK
58 Soy Gly m 6 IPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMK
58 Soy Gly m 5 ISNWDNVVLAYEPVWAIGTGK
58 Soy Gly m 6 ISTLNSLTLPALR
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58 Soy Gly m 5 IVQFQSKPNTILLPHHADADFLLFVLSGR
58 Soy Gly m 5 IVTTLNEAK
58 Soy Gly m 6 KLQGENEEEEK
58 Soy Gly m 6 KLQGENEEEEKGAIVTVK
58 Soy Gly m 6 KNAMFVPHYTLNANSIIYALNGR
58 Soy Gly m 6 KPQQEEDDDDEEEQPQCVETDK
58 Soy Gly m 5 KQEEDEDEEQQR
58 Soy Gly m 5 KQEEDEDEEQQRESEESEDSELR
58 Soy Gly m 6 KQGQHQQEEEEEGGSVLSGFSK
58 Soy Gly m 6 KQGQHQQQEEEGGSVLSGFSK
58 Soy Gly m 6 KQIVTVEGGLSVISPK
58 Soy Gly m 5 KTISSEDEPFNLR
58 Soy Gly m 5 KTISSEDKPFNLR
58 Soy Gly m 6 LADGLAFFLAPIDTK
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58 Soy Gly m 5 LITLAIPVNK
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58 Soy Gly m 5 LITLAIPVNKPGRFESFFLSSTEAQQSYLQGFSR
58 Soy Gly m 6 LNALKPDNR
58 Soy Gly m 6 LNECQLNNLNALEPDHR
58 Soy Gly m 5 LQESVIVEISK
58 Soy Gly m 5 LQESVIVEISKK
58 Soy Gly m 5 LQESVIVEISKKQIR
58 Soy Gly m 6 LQGENEEEEKGAIVTVK
58 Soy Gly m 6 LQLNKVDENGTPK
58 Soy Gly m 6 LQLNKVDENGTPKPSSLGR
58 Soy Gly m 5 LQSGDALRVPSGTTYYVVNPDNNENLR
58 Soy Gly m 6 LQSPDDER
58 Soy Gly m 6 LRQNIGQNSSPDIYNPQAGSITTATSLDFPALWLLK
58 Soy Gly m 6 LRSPDDER
58 Soy Gly m 6 LSAEFGSLR
58 Soy Gly m 6 LSAQFGSLR
58 Soy Gly m 6 LSAQYGSLR
58 Soy Gly m 6 LSAQYGSLRK
58 Soy Gly m 6 LSDDLLQK
58 Soy Gly m 6 LSMFGVTYLR
58 Soy Gly m 6 LVFCPQQAEDNK
58 Soy Gly m 6 LVFCPQQAEDNKCEDIGIQIDDDGIR
58 Soy Gly m 6 MIIIAQGK
58 Soy Gly m 6 MIIIAQGK
58 Soy Gly m 5 MITLAIPVNKPGR
58 Soy Gly m 5 MITLAIPVNKPGR
58 Soy Gly m 5 MITLAIPVNKPGRFESFFLSSTQAQQSYLQGFSK
58 Soy Gly m 5 MITLAIPVNKPGRFESFFLSSTQAQQSYLQGFSK
58 Soy Gly m 5 MIWLAIPVNKPGR
58 Soy Gly m 6 NAMFVPHYNLNANSIIYALNGR
58 Soy Gly m 6 NAMFVPHYTLNANSIIYALNGR
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58 Soy Gly m 5 NFLAGSKDNVISQIPSQVQELAFLGSAKDIENLIK
58 Soy Gly m 5 NFLAGSKDNVISQIPSQVQELAFPGSAK
58 Soy Gly m 5 NFLAGSQDNVISQIPSQVQELAFPGSAQAVEK
58 Soy Gly m 6 NGIYSPHWNLNANSVIYVTR
58 Soy Gly m 6 NGLHLPSYSPYPQMIIVVQGK
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58 Soy Gly m 5 NILEASYDTK
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58 Soy Gly m 5 NKNPFLFGSNR
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58 Soy Gly m 6 NLQGENEEEDSGAIVTVK
58 Soy Gly m 6 NLQGENEGEDK
58 Soy Gly m 6 NLQGENEGEDKGAIVTVK
58 Soy Gly m 6 NNNPFSFLVPPK
58 Soy Gly m 6 NNNPFSFLVPPKESQR
58 Soy Gly m 5 NPFLFGSNR
58 Soy Gly m 5 NPFLFGSNRFETLFK
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58 Soy Gly m 6 NSWDPPNPHIGINVNSIR
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58 Soy Gly m 5 PRPQHPER
58 Soy Gly m 6 PSIGNLAGANSLLNALPEEVIQHTFNLK
58 Soy Gly m 6 PSIGNLAGANSLLNALPEEVIQQTFNLR
58 Soy Gly m 6 QAASETLNTTTQTAQEK
58 Soy Gly m 6 QAGGVLDAIGETIAEIAETTR
58 Soy Gly m 5 QEEDEDEEQQR
58 Soy Gly m 5 QEEEHEQR
58 Soy Gly m 5 QEEEHEQREEQEWPR
58 Soy Gly m 5 QEEEPLEVQR
58 Soy Gly m 6 QFGLSAQYVVLYR
58 Soy Gly m 5 QFPFPRPPHQK
58 Soy Gly m 6 QFQLSAQYVVLYK
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58 Soy Gly m 6 QGQHQQQEEEGGSVLSGFSK
58 Soy Gly m 6 QIVTVEGGLSVISPK
58 Soy Gly m 5 QKQEEEPLEVQR
58 Soy Gly m 5 QLLNESNEFVGDK
58 Soy Gly m 6 QNIGQNSSPDIYNPQAGSITTATSLDFPALWLLK
58 Soy Gly m 6 QNIGQNSSPDIYNPQAGSITTATSLDFPALWLLKLSAQYGSLR
58 Soy Gly m 6 QPNMILQGDAIVTSSGK
58 Soy Gly m 6 QQEEENEGGSILSGFAPEFLEHAFVVDR
58 Soy Gly m 6 QQEEENEGSNILSGFAPEFLK
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58 Soy Gly m 5 QQEGVIVELSK
58 Soy Gly m 5 QQHGEKEEDEGEQPR
58 Soy Gly m 5 QQQEEQPLEVR
58 Soy Gly m 5 QQQEEQPLEVRK
58 Soy Gly m 5 QRESYFVDAQPQQK
58 Soy Gly m 6 QSQVSELK
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58 Soy Gly m 5 QVQELAFPGSAQDVER
58 Soy Gly m 6 RFYLAGNQEQEFLK
58 Soy Gly m 6 RFYLAGNQEQEFLQYQPQK
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58 Soy Gly m 6 RPSYTNAPQEIYIQQGSGIFGMIFPGCPSTFEEPQQK
58 Soy Gly m 6 RPSYTNGPQEIYIQQGK
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58 Soy Gly m 6 RQQEEENEGGSILSGFAPEFLEHAFVVDR
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58 Soy Gly m 6 SAWEQISNYSDQATQGVK
58 Soy Gly m 6 SIKTTSWDLANNK
58 Soy Gly m 5 SPQLENLR
58 Soy Gly m 5 SPQLQNLR
58 Soy Gly m 5 SQQLQNLR
58 Soy Gly m 6 SQQQLQDSHQK
58 Soy Gly m 6 SQSDNFEYVSFK
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58 Soy Gly m 5 SRNPIYSNNFGK
58 Soy Gly m 5 SSNSFQTLFENQNGR
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58 Soy Gly m 6 THHNAVTSYLK
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58 Soy Gly m 6 TLNRNGLHLPSYSPYPQMIIVVQGK
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58 Soy Gly m 6 VFDGELQEGGVLIVPQNFAVAAK
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58 Soy Gly m 6 VLIVPQNFVVAAR
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58 Soy Gly m 6 YQQQQQGGSQSQK

 

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